2002년까지 방송진행인, 칼럼리스트로 활동하고 있었으나,
노무현 후보에 대한 조중동의 편파보도에 분개하여 직접 정계에 뛰어들었다. 이때 당시 한나라당을 탈당한 김원웅 의원과 함께 노무현 지지를 위한 "개혁국민정당"을 창당했다. 이 정당은 당시 새천년민주당에서 일던 후보교체론에 대응하여 노무현 축출되었을 경우 노무현을 다시 후보로 옹립하기 위한 정당이었다. 이 정당은 노무현이 대통령에 당선된 후 민주당이 분당된 열린우리당에 합당하게 된다.
여당의원이 된 그는 기존 정치계의 문법과 잘 맞지 않아서 기존 민주당 출신 정치인들과 많은 갈등을 빚었다. 2006년 2월 10일부터 2007년 5월 22일까지 보건복지부 장관을 역임했는데, 이때 유시민을 반대하던 여러 정치인들이 반노로 돌아서는계기가 된다.