2001년말 대선 출마를 선언하고 2002년 노풍과
병풍 사건, 정몽준과의 단일화를 통해 제16대 대통령으로 당선되었다. 2003년 2월 25일 취임하여 한미 FTA, 태안 기름 유출 사고 대처 등을 이뤄냈으나 새천년민주당 탈당 후 열린우리당을 결성함으로 인해 1년만에
노무현 대통령 탄핵소추 및 심판을 당하는 등 어려움을 겪기도 했다. 탄핵이 기각되며 대통령직에 복귀하였고, 남북 정상회담 개최, 국방개혁 추진 등의 정책을 실행했다. 그 중에는 이라크 전쟁 파병처럼 평가가 엇갈리거나, 위헌으로 이뤄지지 못한 행정수도 정책도 있다. 또한 대통령 개인의 직설적인 화법도 언론 등에서 논란이 되었다.
2008년 퇴임 후 고향인 경상남도 김해시의 봉하마을에서 농사 등을 지으며 활동하였다. 친환경 농사법, 생태 숲 조성 등 친농촌/환경적인 활동도 하였다. 봉하마을은 관광명소가 되어 여러 관광객이 방문했고 이들과 소통하였다. 그러나
박연차 게이트로 검찰 조사
(1)를 받으며 고생
(2)하다가, 2009년
투신자살하여 향년 62세로 사망하였다. 남긴 유서는 다음과 같다.
너무 많은 사람들에게 신세를 졌다.
나로 말미암아 여러 사람이 받은 고통이 너무 크다.
앞으로 받을 고통도 헤아릴 수가 없다.
여생도 남에게 짐이 될 일 밖에 없다.
건강이 좋지 않아서 아무 것도 할 수가 없다.
책을 읽을 수도 글을 쓸 수도 없다.
너무 슬퍼하지 마라.
삶과 죽음이 모두 자연의 한 조각 아니겠는가?
미안해하지 마라.
누구도 원망하지 마라.
운명이다.
화장해라.
그리고 집 가까운 곳에 아주 작은 비석 하나만 남겨라.
오래된 생각이다.
사망 후 후진타오, 엘리자베스, 반기문 등 각계에서 애도를 표했다. 국민장으로 엄수되었고, 전국적으로 500만명이 각지에 설치된 분향소에 조문하였다.
# 특히 덕수궁 대한문앞 분향소에는 장례 기간 동안 수 킬로미터에 이르는 장례 행렬이 이어지기도 했다. 봉하마을도 애도 명목으로 방문자가 많았으며, 각 포털사이트와 언론사에는 추모 배너가 달렸다.
자살에 대해 정치적 타살이라며
이명박, 검찰 등을 비판하는 여론이 있었으며, 반대로 전직 대통령으로서 무책임하다며 비판하는 여론도 존재하였다.