2017년 문재인 정부 출범과 함께 문재인 정부 초대 민정수석비서관에 임명되어 2년간 재직했다. 민정수석으로서 검찰 개혁과 권력 기관 개편을 추진했다. 2019년 7월 26일 민정수석에서 사퇴했고, 2019년 8월, 문재인 대통령에 의해 법무부 장관 후보자로 지명되었다. 그러나 지명 직후 가족 관련 의혹이 봇물 터지듯 터져 나오면서 이른바 조국 사태라고 불릴 정도로 대립이 일어났다. 이 과정에서 검찰 수사가 진행되는 와중에도 장관에 임명되었으나, 국민적 갈등이 극에 달하자 취임 35일 만에 사퇴했다.
법무부장관 사퇴 후, 본인과 가족들은 여러 혐의로 기소되어 법정 공방을 벌였다. 정경심 전 교수는 징역 4년형 유죄를 선고받았고, 자녀들은 입학취소, 학위취소가 됐으며 본인도 2심에서 징역 2년에 추징금 600만원을 선고 받았다.
그럼에도 2024년 3월 조국혁신당을 창당하고 제22대 국회의원 선거에 비례대표 후보로 출마했다. "3년은 너무 길다"는 슬로건을 내세우며 정권 심판론에 불을 지폈고, 조국혁신당은 지민비조(지역구는 민주당, 비례는 조국혁신당)라는 구호 아래 예상 밖의 높은 지지를 얻어 비례대표 12석을 확보하는 돌풍을 일으켰다. 조국 본인도 비례대표로 당선됐으나, 대법원 선고로 의원직을 상실하고 수감됐다. 이후 제21대 대통령 선거에서
이재명이 당선된 뒤 2025년 8월 11일 정경심 교수 등과 함께 사면되어 8월 15일 석방됐다.
조국 사태