제 3기는 1996년 6월에 싱글 '
스트레인지 카멜레온'을 발매한 이후, 현재까지의 기간을 가리킨다. 얼터너티브 락이라는 스타일을 추구하는 현재의 the pillows라는 이미지도 이 때부터 시작되었다.
6번째 싱글인 ‘스트레인지 카멜레온’에서는 대중적인 음악에 실패한 자신들의 솔직한 심정을 이야기하는 것 같은 가사와 함께 곡 자체도 지금까지의 the pillows가 가졌던 음악성을 크게 부정하는 스타일을 추구했다. 이 때문에 ‘스트레인지 카멜레온’은 발매에 반대하는 레코드 회사와 멤버가 대립한 결과 반 강제적으로 이루어졌다. 또한 이 곡을 수록한 정규 앨범인 'Please Mr. Lostman‘은 멤버에게 있어서 인디 세계로 돌아갈 각오까지 되어 있던 ‘음악 업계에 대한 유서’라고도 할 수 있는 앨범이었다.
이렇게 밴드 방향성을 크게 전환한 the pillows는, 이후 ‘스트레인지 카멜레온’이 라디오 방송국에서 추천곡으로 뽑히는 등 점차 지지를 얻게 된다. 또한 이 역경을 함께 넘어선 멤버나 스탭 사이의 결속도 더욱 강해져서 이어서 발매되는 6번째 정규 앨범 'LITTLE BUSTERS‘에서는 야마나카 사와오가 “처음으로 듣는 사람 쪽을 향한 감사의 마음”으로 노래했다는 이야기를 하고 있다. 이후 the pillows는 얼터너티브 락이라는 스타일을 굳혀서 현재의 락 밴드 형태를 확립해 가며, 이 때부터 서포트 멤버로 카시마 타츠야를 대신해서 스즈키 준이 베이스를 담당하게 된다.
이 시기부터는 정규 앨범과 병행하여 베스트 앨범 등도 상당한 수를 발매하게 되며, 2004년에는 데뷔 15년을 기념한 셀프 커버 앨범이나 트리뷰트 앨범도 발표하는 등 다양한 활동을 하게 된다. 2006년 말에는 avex trax로 레이블을 이적, 이후 2007년에는 킹레코드에 있었을 때의 싱글 수록곡을 담은 싱글 컬렉션도 발매한다. 또한 2000년 이후로는 일본 국내보다도 해외에서 더 잘 알려진 밴드가 되어, 해외 라이브 등도 행하게 된다. 2005년에는 미국 투어를 하게 되었으며 이러한 해외 투어는 매번 큰 성공을 거두는 등, 해외에서의 인기는 the pillows의 멤버 자신들도 놀랄 정도.
사실 이러한 해외에서의 인기는 2000년 작
가이낙스의 애니메이션 '프리크리‘의 영향이 큰 것으로, 실제 프리크리 내의 삽입곡이나 테마곡 등은 대부분이 the pillows의 곡으로 채워져 있다. 프리크리는 미국 카툰 네트워크에서의 방송을 통해 영미권에서 큰 인기를 모으게 되었으며
(2) 마찬가지로 한국에서도 이를 통해 the pillows를 처음 접한 사람들이 대부분이다. 이후 2018년에 제작된 후속작 프리크리 프로그레시브와 프리크리 얼터너티브에서도 전곡 음악을 담당하며 세대를 아우르는 인기를 확인시켜 주었다.
2008년에는 Oasis의 방일 공연에 참가해 달라는 요청이 있었지만, “거절하는 편이 더 이야깃거리가 될 것 같다”는 이유로 거절했다고 한다. 2009년에는 결성 20주년을 기념하여 2장의 베스트 앨범을 발매하고, 다수의 투어, 또한 YouTube를 이용한 전 세계 규모의 커버 컨테스트 기획 등을 하고, 활발한 활동을 하고 있다.
2019년에는 결성 30주년을 맞아 다큐멘터리 영화 왕이 되어라(王様になれ)가 제작 및 상영되기도 했다.
