애퍼처 사이언스의 역사는 케이브 존슨이라는 괴짜 설립자의 광기와 집념, 그리고
GLaDOS라는 희대의 AI로 점철되어 있다고 요약해도 과언이 아니다.
1943년, 케이브 존슨은 애퍼처 픽스처스라는 샤워 커튼 제조사를 설립한다. 1944년 1월 미시간의 폐쇄된 소금 광산을 매입한다. 1947년, 애퍼처 픽스처스는 애퍼처 사이언스 이노베이터스로 사명을 변경하고 본격적인 과학 연구에 뛰어든다. 이 시기부터 정부 계약을 따내며 다양한 연구를 진행한다. 이 과정에서 반발 젤, 추진 젤 등을 개발해낸다. 동시에 광산을 개조해 거대한 규모의 지하 연구 시설을 만든다.
그러나 1970년대 후반, 케이브 존슨은 월석에 장기간 노출, 중독되어 시한부 인생을 선고받고, 자신의 의식을 컴퓨터에 업로드해 영생을 시도하지만 실패한다. 이후 자신의 비서인 캐롤린을 후임자로 삼고 캐롤린의 인격을 AI에 이식시키라고 지시한다. 이후 케이브 존슨은 사망한다.
시간이 흐른 후 그의 지시에 따라 캐롤린의 인격이 담긴 인공지능,
GLaDOS가 만들어지지만, 통제가 불가능했고 결국 신경독을 사용해 연구원 다수를 사살하고 연구소를 장악한다. 이후 피실험자 첼과의 이야기가 포탈에서 시작된다.
