구매 금액의 일정 퍼센트를 포인트로 적립해준다. 적립률은 상당한 편이며(1) 멤버십 연계 등 여러 조건을 충족하면 더 많은 적립이 가능하다. 이렇게 적립된 포인트는 네이버 쇼핑, 웹툰, 뮤직, 예약 등 다양한 네이버 서비스 내에서 사용할 수 있으며, 네이버페이 온라인 가맹점 및 오프라인 가맹점에서도 사용 가능하다. 특히 네이버플러스 멤버십 사용 시 최대 5%까지 적립되는 혜택 덕분에, 충성 고객들 사이에서는 포인트로 먹고산다는 말이 나올 정도의 강력한 생태계를 구축하고 있다.
초기에는 온라인 중심이었으나, 현재는 오프라인에서도 매우 강력한 결제 수단이다. 2023년 상반기부터 삼성 페이와 전략적 제휴를 맺으면서, MST 결제를 지원하는 전국의 모든 매장에서 네이버페이 앱으로 결제가 가능해졌다. 여기에 현장결제 시 제공되는 포인트 뽑기 혜택이 쏠쏠해, 아이폰 유저(QR 결제)와 갤럭시 유저(삼성 페이 연동) 모두를 흡수하는 데 성공했다.
