북쪽과 동쪽으로는 브라질, 남쪽과 서쪽으로는 아르헨티나, 북서쪽으로는 볼리비아와 국경을 맞대고 있다. 남미에서 볼리비아와 함께 단 둘뿐인 내륙국이지만, 파라과이 강과 파라나 강을 통해 대서양으로 나갈 수 있는 수로가 발달해 있어 완전한 고립 지역은 아니다.
국토 중앙을 흐르는 파라과이 강을 기준으로 동서가 확연히 나뉜다. 동부는 인구의 97%가 거주하는 비옥한 평야 지대로 수도 아순시온도 이곳에 있다. 기후가 온난습윤하여 농업에 적합하다. 반대로 서부는 국토의 60%를 차지하지만 인구는 3% 미만인 그란 차코 지역으로, 덥고 건조한 평원과 늪지대로 이루어져 있다.
기후는 전반적으로 아열대성 기후를 띠며, 여름에는 40도를 웃도는 찜통더위를 자랑한다. 바다가 없어서 더 덥게 느껴진다고 한다.
